Vi rút rota lây qua đường phân-miệng, qua tiếp xúc với tay hoặc các bề mặt và vật thể bị nhiễm vi rút rota [38] và cũng có thể qua đường hô hấp[1]. Phân của một bệnh nhân có thể chứa tới 10 nghìn tỷ hạt mang bệnh trong một gam [4] và chỉ cần chừng 10 đến 100 trong số đó là đủ để lây nhiễm bệnh sang người khác [39].

Vi rút rota tồn tại bền vững trong môi trường thông thường và đã được tìm thấy trong các mẫu nước sông ở mức độ chừng 1 đến 5 hạt mang bệnh trong mỗi gallon [40]. Các biện pháp vệ sinh thông dụng để tiêu diệt vi khuẩn và ký sinh trùng thường không hiệu quả trong việc kiểm soát vi rút rota, điều này suy từ số liệu về các vụ nhiễm vi rút rota không khác biệt nhiều giữa những quốc gia có tiêu chuẩn vệ sinh dịch tễ cao và thấp [1].